Влияет ли FlowSync на работу других программ

Lite не трогает ничего важного. Power+ отключает Cortana, Xbox Game Bar, OneDrive автозагрузку — если вы ими пользуетесь, исключите модули. Hardcore может сломать сценарии с виртуальными машинами и Hyper-V — для разработчиков не рекомендуется.