Это безопасно?

Да. Все изменения откатываются одной кнопкой. Точка восстановления Windows создаётся автоматически. Бэкап реестра и служб — в %LocalAppData%\FlowSync\Backups\. Программа подписана HMAC, проверяется при каждом запуске. Открытый репозиторий с changelog — в Telegram-канале.